男性不育的原因很复杂，影响生育的环节比较多，但主要关注两大项，精液是否正常、性功能是否有障碍。男性精液是否正常，参考标准各大医院稍有差异。男性性功能障碍性不育常见的原因有以下：
生殖器官发育异常
阴茎先天性发育异常，包括先天性阴茎发育不全、隐匿阴茎、无阴茎、小阴茎、异位阴茎等，均因不能勃起而无精液射出，即使勃起，但因其过小而致使不能生育。 尿道的先天性异常，包括尿道上裂和尿道下裂、先天性尿道憩室和狭窄，都会使精子不能输入女性阴道而造成不育。 睾丸先天性异常，包括睾丸缺如、睾丸发育不全、隐睾、异位睾丸等，都因无精子或精子质量低下而导致不能生育。输精管发育不全而形成的精道梗阻、精囊发育不全、缺如等附属性腺功能异常，也可导致不育。 此外，生殖器的损伤和畸形也可造成不育。
生殖系统感染 男性生殖系统可发生急性和慢性感染。急性感染常见的有急性睾丸炎、附睾炎、精囊炎、尿道炎、前列腺炎等，均可因急性炎症的病理变化，使精子的质量与输送通道发生问题而影响生育。 慢性炎症可由急性炎症治疗不彻底而造成，多是因特异性感染所致，如由结核、淋病、梅毒、麻风所引起，因病程长，并多呈增殖样改变，因此易使精子的生成或输出发生障碍。
精索静脉曲张 精索静脉曲张在男性中并不少见，患者有腹部下坠感。此病会影响睾丸功能，与男性不育有着密切的关系。
内分泌紊乱 下丘脑、垂体、睾丸是调节男性性活动的主要内分泌腺，又被称为下丘脑－垂体－睾丸轴。这三个腺体的任何病变都可能影响男性的内分泌而导致功能紊乱。
慢性营养不良 精子的生成与蛋白质、维生素A、维生素D、维生素e及矿物质锌、锰、钙、磷的质与量有密切关系。其中，锌元素与精子的生长关系最为密切，一次房事活动会消耗600～1000μg的锌。所以，要多吃瘦肉、鱼、虾、牛奶以及动物肝、肾等食物，来补充营养成分。
生活因素 最常见的生活因素是长期手淫。过频的手淫容易导致精子数量和精液总量减少，从而造成不育。此外，阴囊温度过高、裤子太紧、房事过频、情绪心理因素、久骑摩托车、自行车等均可导致男性不育。
男性肥胖会影响生育能力 脂肪增多会使健康的精子数量减少，即便怀孕了，流产的可能性也比正常情况要高。精子是在低于体温0.5～1℃的环境下生成的。肥胖的人体温较高，从而影响精子生成的环境。 另外，肥胖影响身体的激素分泌，进而影响精子的数量和质量，使生育能力降低。如果夫妻两人都肥胖，那么自然怀孕会变得更难。因此，如果想自然怀孕，夫妻双方都应该注意自己的体重。
其他原因 染色体异常、环境中的有害因素、药物、酒精等都可能影响精子数量和性功能，从而造成不育。
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