益生元的生理功能主要是通过促进肠内人体有益菌的繁殖，增殖体内有益菌减少有害菌，优化菌群来平衡人体的健康，低聚糖还具有膳食纤维的功能，可增加大便的持水性和容量，从而易于排出，起到"肠内清道夫"的作用，对便秘、腹泻起到双向调节，还可吸附肠道中阴离子、胆汁酸而有效降低血脂和胆固醇。据国家卫生部、科技部和国家统计局联合发布的第四次中国居民营养与健康调查数据显示，由微生态失衡引起的营养不良正在成为我国公众营养健康的最大威胁之一。据世界卫生组织最新资料：中国有1.2亿人口患有不同程度的胃肠疾病。有关研究发现：肠癌、高血压、心血管病、糖尿病、癌症等都和肠道菌群失衡有关。 有害细菌包括能致病和能产生有害物质的细菌，如大肠杆菌、变形杆菌等。有益细菌以双歧杆菌和乳酸菌为主。如果人体肠道内有益菌占优势，人体就会表现出健康状态，有益菌能形成一个具有保护作用的生物膜屏障，阻止有害菌的入侵与定植，抑制有害菌的生长繁殖，改善肠道内菌群结构与环境，具有提高免疫力、预防和治疗便秘及降血脂、腹泻、抑制肠道病源和腐败微生物的生长，分解致癌物质等作用。因此，保持和促进双歧杆菌优势和生长是促进人体健康的重要手段。 益生元是指通过改善宿主肠道微生物菌群的平衡而发挥作用的活性微生物制品。目前最大的问题是益生素并只能短暂地存在于宿主体内，一旦停止服用，结肠内益生素的优势也就不存在了。 益生元不会被人体吸收，这种成分能有选择地刺激一种或几种结肠中对宿主健康有益的微生物的生长和繁殖，从而改善肠道微生态环境，促进机体健康。现在增加有益菌的方法有两种： 1、是直接食用含有活双歧杆菌的产品； 2、是食用能够促进体内双歧杆菌增殖的功能性食物“益生元”。前者制造工艺复杂，同时活菌通过胃比较容易失活；而后者食用方便，不存在这种难题。 功能性低聚糖——水苏糖得到了迅速发展，主要由低聚异麦芽糖、低聚麦芽糖、低聚半乳糖、低聚果糖、大豆低聚糖、乳果糖、海藻糖、低聚木糖、帕拉金糖等。 3、减轻便秘 益生元之所以能够明显的改善便秘，除其本身的渗透压会使肠壁水分释出外，最重要的是益生元具有促进有益菌大量繁殖的作用。便秘者肠内的环境是碱性的，但有益菌在代谢过程中产生的醋酸、乳酸等有机酸可以促进肠道转为弱酸性，身体渗入的水分增多刺激了肠子的蠕动从而缓解便秘。 4、预防及缓解肠道疾病 一些肠道疾病如节段性回肠炎和急性肠道综合症的特征，都是有过高的肠 pH 值，益生元通过降低肠pH来降低这些疾病的发生率甚至治愈它们。这是有益于病人的。低的肠 pH 值也可以刺激肠蠕动从而抵制致病细菌。 5、平衡肠内微生态 益生元可以帮助肠在经过抗生素腹泻压力或其它药物非抗生素类的干扰后恢复肠内细菌平衡。通过对某特定菌群的选择性的刺激而使平衡恢复。可能发生在很多种不同菌群上。这种刺激可以是直接的被选择的细菌在益生元上生长或是间接的一些细菌释放对其它细菌生长有益的物质，这种情况下选择性刺激和新陈代谢的改变都起到作用。
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