艾灸的疗效之所以神奇，因为通过艾草的燃烧产生近红外和热量一方面能达到温通经络、行气活血、驱寒除湿等效果；另一方面是借助艾草本身的药力起作用，因为艾草是中药中少有的能通十二条经络的药物，所以古人经过多年的摸索，所以人们才将艾草定为施灸的主要原料。
现代医学报告指出，艾灸燃烧时产生的热量，是一种十分有效并适应于机体治疗的物理因子红外线，根据物理学的原理，任何物体都可以发射红外线和吸收红外线，人体也不例外，近红外线对人体的穿透深度较远红外线深，最多可达10mm，并被机体吸收。研究认为，艾灸在燃烧时产生的辐射能谱是红外线，且近红外线占主要成分。 近红外线可激励人体穴位内生物分子的氢键，产生受激相干谐振吸收效应，通过神经-体液系统传递人体细胞所需的能量。艾灸时的红外辐射可为机体细胞的代谢活动、免疫功能提供所必需的能量，也能给缺乏能量的病态细胞提供活化能。 而艾灸施于穴位，其近红外辐射具有较高的穿透能力，可通过经络系统更好地将能量送至病灶而起作用。 另外一项现代研究表明，艾燃烧生成物的甲醇提取物，有清除氧自由基作用，并且比未燃烧的艾的甲醇提取物作用更强。 施灸局部皮肤中过氧化脂质显著减少，此作用是艾的燃烧生成物所致，艾的燃烧不仅没有破坏其有效药物成分，反而使之有所增强，艾燃烧生成物中的抗氧化物质，附着在穴位处皮肤上，通过灸热渗透进入体内而起作用。
上面讲的艾灸作用原理听起来比较复杂，我们不需要研究的这么深，我们对艾灸的作用进行总结，简化为八个字：“三位一体，四效合一”，其中的三位一体是指：有病治病，半病寻病，无病养生；四效合一是指：驱寒邪，补元阳，通经络，调正气。
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