所有的药物，包括疫苗，都有副作用，尽管不会发生在所有人身上。HPV疫苗接种后的反应和别的疫苗差不多。最常见的副作用就是，疼痛，打针的地方红，或者红肿。出现的概率大概1/5 -1/4，不过都是暂时性的。是免疫系统在作出反应的表现。可以冷敷，如果有必要的话，也服用对乙酰氨基酚止痛。 更严重的副作用，比如出现过敏反应是非常罕见的，大概百万分之三，和其他用于儿童和青少年的疫苗出现过敏反应的概率差不多。过敏通常发生在注射后的10分钟内，通常是因为对疫苗中的某种成分过敏。
一般来说，在注射疫苗后都在诊所或者医院多呆上10-15分钟，以确保不出现过敏反应。如果出现过敏，可以得到及时的救治，这对于训练有素的疫苗接种人员应该不是难事。 对于疫苗副作用的监测在全球范围内都在持续进行，需要研究人员来判断究竟是疫苗引起的副作用还是仅仅是疾病发生和疫苗注射在时间上的重合。如果你在接种后出现任何不良反应，都应该向接种单位报告。
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